С продвижением в глубь страны наполеоновской армии, росло сопротивление населения, приобретая организованный характер. Разгоралась партизанская война. Укрывательство продовольствия, уничтожение мародеров, отдельные нападения и настоящие бои с французскими отрядами – такими методами в тылу помогали партизаны армии. При поддержке Кутузова и Багратиона наряду с пешими партизанскими отрядами создавались партизанские конные воинские команды, маневренность которых позволяла быстро и неожиданно появляться в плохо защищенных тылах противника. Во главе первого такого отряда, насчитывающего 200 человек гусар и казаков, встал поэт-партизан Денис Давыдов.

14 сентября войска Наполеона заняли столицу. Но торжественного въезда в город не получилось. Так и не дождавшись у городской границы Москвы - на Дорогомиловской заставе перед камер-коллежским валом «ключей от города», армия Наполеона вошла в почти пустой город.

Как только наполеоновская армия заняла столицу, начались пожары, пьянство, грабежи и мародерство солдат и офицеров "великой армии". Погибло большое количество ценностей. Падение дисциплины, моральное разложение армии, сгоревшее, во время пожара Москвы, продовольствие и наступающая дождливая осень, а затем и зима заставили Наполеона начать переговоры о мире. Трижды Наполеон посылал предложения о начале переговоров, но Александр I отказывался их обсуждать.



Заключить мир с Александром I не удавалось. Понимая, что время работает на русских, маршалы требовали от Наполеона активных действий. И после больших колебаний, 18 октября Наполеон дал приказ отступать. Но отступая, Наполеон решил уничтожить главную святыню столицы – Московский Кремль. На счастье дождливая погода (отсырел порох) и вовремя замеченные и потушенные жителями города фитили помешали осуществлению варварского плана до конца. Взрывами были повреждены Водовзводная, Петровская и Первая Безымянная башня. Пострадали пристройки к Колокольне Ивана Великого и Угловая Арсенальная башня.



Однако некоторые историки подвергают сомнению факт поджога Кремля Наполеоном. Существует версия, что Наполеон считал, что пожар Москвы устроен самими русскими при отступлении, и ужасался варварству противника. Некоторые исторические документы донесли до нас его фразу: «Какое ужасное зрелище! Это они сами! Столько дворцов! Какое невероятное решение! Что за люди! Это скифы!» К тому же, пребывая в Москве, Наполеон отдал приказ безжалостно казнить всех подозреваемых в поджогах. При таком отношении, Наполеон вряд ли стал бы поджигать Кремль.



Оставив разоренную Москву и терпя поражение за поражением, французы отступали по разграбленной Смоленской дороге. Это уже была не та «Великая армия», которая наступала на Москву полтора месяца назад. Голодные, раздетые, лишенные обозных лошадей, постоянно преследуемые партизанами и русскими войсками французы, в декабре, наконец, переправились через Неман. Так бесславно окончилось нашествие «великой армии» Наполеона в Россию